Indemnités journalières auto-entrepreneur : conditions, calcul et montant

En 2026, un auto-entrepreneur peut percevoir des indemnités journalières maladie s’il remplit les conditions applicables à son régime et cesse son activité pendant l’arrêt. L’IJ est calculée à partir du revenu d’activité annuel moyen (RAAM), mais son plafond dépend du régime dont relève l’activité. Pour un artisan, un commerçant ou un micro-entrepreneur exerçant une profession libérale non réglementée rattachée à ce régime, elle est limitée à 65,84 € brut par jour. Certaines professions libérales relèvent toutefois de règles de calcul et de plafonnement différentes.

Pour ouvrir des droits au titre de son activité indépendante, le micro-entrepreneur doit notamment justifier d’au moins 12 mois d’affiliation continue, être temporairement incapable de poursuivre ou reprendre son activité, disposer d’un arrêt de travail prescrit et cesser effectivement l’activité concernée. Lorsque cette durée d’affiliation n’est pas atteinte, une indemnisation peut toutefois être étudiée, sous conditions, au titre du maintien de droits acquis lors d’une activité précédente.

Les IJ sont en principe dues à partir du 4e jour, après une carence de trois jours. Des exceptions existent notamment pour certaines prolongations, certains arrêts en rapport avec une affection de longue durée (ALD) et les arrêts faisant suite à une interruption spontanée de grossesse.

Ce fonctionnement du délai de carence doit être distingué des délais de carence ou franchises éventuellement prévus par un contrat de mutuelle ou de prévoyance.

L’IJ correspond à 1/730 du revenu d’activité annuel moyen (RAAM), calculé à partir des revenus des trois années civiles précédant l’arrêt. Pour une micro-entreprise, le chiffre d’affaires déclaré est converti en revenu après application de l’abattement forfaitaire correspondant à la nature de l’activité :

  • 71 % d’abattement pour les activités de vente relevant des BIC ;
  • 50 % pour les prestations de services relevant des BIC ;
  • 34 % pour les activités relevant des BNC.

Pour un artisan, un commerçant ou un micro-entrepreneur exerçant une profession libérale non réglementée rattachée à ce régime, le revenu retenu pour le calcul est plafonné au PASS, soit 48 060 € en 2026, et l’IJ ne peut dépasser 65,84 € brut par jour. Pour un arrêt débutant en 2026, aucune IJ n’est versée lorsque le RAAM des trois années civiles précédentes est inférieur à 10 % de la moyenne des PASS correspondants, soit 4 582 €. Avec un RAAM de 15 000 €, l’IJ théorique est d’environ 20,55 € brut par jour.

Les professions libérales relevant du dispositif spécifique d’indemnités journalières obéissent à un plafond différent : le revenu pris en compte peut atteindre trois PASS, soit 144 180 € en 2026, pour une IJ maximale de 197,51 € brut par jour. Il est donc nécessaire d’identifier le régime dont relève l’activité avant d’appliquer un plafond d’indemnisation.

Pour les artisans, commerçants et micro-entrepreneurs relevant de ce régime, l’indemnisation maladie hors ALD est limitée à 360 indemnités journalières sur une période de trois ans. Les arrêts en rapport avec une ALD obéissent à des règles spécifiques de durée et de carence. Pour les professions libérales relevant du dispositif spécifique d’IJ, la durée d’indemnisation d’un même arrêt ne peut pas dépasser 90 jours.

Lorsque l’arrêt de travail est télétransmis par le professionnel de santé, aucune transmission papier n’est normalement nécessaire pour les volets destinés à l’Assurance Maladie. Si la télétransmission n’est pas possible et qu’un arrêt papier est établi, le formulaire Cerfa sécurisé est utilisé depuis le 1er juillet 2025. Après la période transitoire de l’été 2025, les anciens formulaires papier sont systématiquement rejetés depuis le 1er septembre 2025. Les volets destinés à la CPAM doivent être adressés dans les 48 heures et les scans ou photocopies d’un arrêt de travail papier ne sont pas acceptés.

  • Vérifier que les déclarations de chiffre d’affaires sont à jour afin que les revenus pris en compte par les organismes sociaux correspondent à la situation déclarée.
  • Conserver les relevés d’indemnités journalières : ils permettent de justifier les versements et peuvent être utiles pour faire valoir certains droits ultérieurement.
  • Consulter le compte ameli pour suivre les paiements des indemnités journalières, généralement effectués par périodes régulières après traitement du dossier.

Pour percevoir les IJ au titre de l’activité faisant l’objet de l’arrêt, l’assuré doit en principe cesser cette activité. L’exercice d’une activité professionnelle pendant l’arrêt peut remettre en cause l’indemnisation lorsqu’elle n’a pas été expressément autorisée dans les conditions prévues.

L’encaissement pendant l’arrêt d’une facture correspondant à une prestation réellement effectuée avant le début de l’incapacité n’est pas, à lui seul, assimilé à la réalisation d’une nouvelle activité professionnelle. Il est néanmoins prudent de conserver les éléments permettant d’établir la date de réalisation de la prestation et de distinguer clairement sa réalisation, sa facturation et son encaissement.

En cas de cumul entre micro-entreprise et emploi salarié, les droits dépendent des activités exercées et des cotisations correspondantes. En situation de polyactivité, des droits aux IJ peuvent être ouverts au titre de l’activité salariée et de l’activité indépendante lorsque les conditions propres à chacune sont remplies. Le calcul et le versement des indemnités sont alors appréciés selon les règles applicables à chaque activité.

Les indemnités journalières maladie ne sont pas versées simultanément avec l’allocation chômage de France Travail pour la même période d’arrêt : le paiement de l’allocation est interrompu pendant l’indemnisation maladie et la durée restante des droits est reportée. Les professionnels relevant du régime agricole dépendent pour leur protection sociale de la Mutualité sociale agricole (MSA).

Les règles exposées pour l’arrêt maladie ordinaire ne doivent pas être transposées automatiquement aux autres situations. Les congés de maternité et de paternité relèvent de conditions et de prestations spécifiques. De même, un travailleur indépendant n’est pas automatiquement couvert comme un salarié contre les accidents du travail et les maladies professionnelles (AT/MP). Il peut souscrire une assurance volontaire AT/MP, mais celle-ci ne prévoit pas le versement d’indemnités journalières AT/MP.

Une prévoyance privée peut, selon le contrat souscrit, compléter la protection en cas de perte de revenu. Il convient notamment de comparer la franchise, le montant de l’indemnisation, sa durée, la définition contractuelle de l’incapacité et les exclusions. Les besoins peuvent notamment différer pour un artisan du bâtiment et ses besoins de protection santé. Une mutuelle santé rembourse principalement des frais de soins ; elle ne doit pas être confondue avec une garantie de prévoyance destinée à compenser une perte de revenus.

En savoir plus sur votre protection santé : lorsqu’une personne quitte un emploi salarié pour créer son activité indépendante, il est utile de distinguer complémentaire santé et prévoyance. Découvrez notre guide consacré aux contrats de mutuelle santé pour travailleurs indépendants.

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